Sửa đổi bổ sung quy định khấu trừ thuế GTGT công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN thế nào theo Công văn 5746?

Sửa đổi bổ sung quy định khấu trừ thuế GTGT công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN thế nào theo Công văn 5746?

Tại tiểu mục 3.3 Mục 3 Phụ lục ban hành kèm Công văn 5746/CT-CS năm 2026 ngày 10/8/2026 của Cục Thuế về việc giới thiệu nội dung mới tại Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định:

Về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước (khoản 4 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC)

- Sửa đổi, bổ sung quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước đối với trường hợp công trình xây dựng trong dự án đầu tư theo phương thức đối tác công tư (dự án PPP): Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ tiền thuế giá trị gia tăng của các nhà thầu là đơn vị trực tiếp thi công công trình xây dựng khi thực hiện thủ tục thanh toán vốn ngân sách nhà nước chi cho đầu tư công cho cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước (điểm a khoản 4).

Trước đây, quy định Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ tiền thuế giá trị gia tăng của các nhà thầu khi thực hiện thủ tục thanh toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản của ngân sách nhà nước cho chủ đầu tư chưa có quy định cụ thể cho dự án PPP.

- Sửa đổi quy định về cách thức xác định doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng trong trường hợp hợp đồng ký kết theo giá đã có thuế giá trị gia tăng (điểm a khoản 4).

Trước đây, quy định chung, không quy định cụ thể cách thức quy đổi.

- Sửa đổi, bổ sung quy định các trường hợp Kho bạc Nhà nước không thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng (điểm b khoản 4): bổ sung thêm hoạt động tư vấn, khảo sát, thiết kế, bảo hiểm, kế toán của công trình xây dựng; hoạt động xây dựng trong khu phi thuế quan; sửa đổi quy định các khoản chi phí đầu tư xây dựng của các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản có giá trị công trình xây dựng bao gồm cả thuế giá trị gia tăng dưới 01 tỷ đồng; sửa đổi quy định rõ trường hợp chủ đầu tư có chứng từ chứng minh đã nộp đầy đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước đối với toàn bộ số thuế giá trị gia tăng phát sinh của nhà thầu và trách nhiệm của chủ đầu tư trong việc cung cấp chứng từ nộp cho Kho bạc Nhà nước để chứng minh đã nộp đủ tiền thuế vào NSNN.

Trước đây, quy định không cụ thể về không khấu trừ đối với hoạt động xây dựng không theo quy định của pháp luật về hệ thống ngành kinh tế quốc dân và quy định của pháp luật chuyên ngành; quy định không khấu trừ đối với khoản chi từ ngân sách cấp xã có tổng mức đầu tư của công trình dưới 01 tỷ đồng và không quy định cụ thể về chứng từ chứng minh đã nộp đầy đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước.

- Sửa đổi quy định quy định rõ trách nhiệm của chủ đầu tư hoặc cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước trong dự án PPP phải kê khai đầy đủ, chính xác, trung thực thông tin nộp thuế GTGT của nhà thầu trên chứng từ thanh toán và cung cấp chứng từ thanh toán cho Kho bạc Nhà nước để khấu trừ thuế GTGT (điểm c khoản 4).

Trước đây, chủ đầu tư có trách nhiệm lập chứng từ thanh toán và cung cấp chứng từ cho nhà thầu sau khi Kho bạc Nhà nước khấu trừ thuế GTGT.

- Sửa đổi quy định nhà thầu không phải lập tờ khai thuế mẫu số 05/GTGT đối với công trình, hạng mục công trình xây dựng trong cùng tỉnh với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính khi Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ thuế GTGT (điểm đ khoản 4).

Trước đây, chỉ quy định tại mẫu tờ khai thuế 05/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC, chưa có quy định cụ thể tại khoản 5 Điều 13 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

Sửa đổi bổ sung quy định khấu trừ thuế GTGT công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN thế nào theo Công văn 5746? (hình từ Internet)

Quy định khấu trừ thuế GTGT đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN theo Thông tư 89 cụ thể ra sao?

Căn cứ khoản 4 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định khấu trừ thuế GTGT đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN như sau:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước (công trình cùng địa bàn tỉnh hoặc khác địa bàn tỉnh với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính).

Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ tiền thuế giá trị gia tăng của các nhà thầu là đơn vị trực tiếp thi công công trình xây dựng (sau đây gọi là nhà thầu) khi thực hiện thủ tục thanh toán vốn ngân sách nhà nước chi cho đầu tư công cho chủ đầu tư hoặc cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước trong dự án đầu tư theo phương thức đối tác công tư (sau đây gọi là dự án PPP) như sau:

(1) Kho bạc Nhà nước nơi chủ đầu tư hoặc cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước trong dự án PPP mở tài khoản giao dịch thực hiện khấu trừ tiền thuế giá trị gia tăng của nhà thầu để nộp vào ngân sách nhà nước theo tỷ lệ 1% trên doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng đối với khối lượng hoàn thành của các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản theo đề nghị của chủ đầu tư hoặc cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước trong dự án PPP tại Giấy rút vốn theo mẫu số 05.a/TT và các giấy tờ khác khi lập chứng từ thanh toán theo quy định tại Nghị định số 254/2025/NĐ-CP của Chính phủ quy định về quản lý, thanh toán, quyết toán dự án sử dụng vốn đầu tư công hoặc Giấy rút vốn theo mẫu số 04 và các giấy tờ khác khi lập chứng từ thanh toán theo quy định tại Nghị định số 312/2025/NĐ-CP của Chính phủ quy định cơ chế quản lý tài chính dự án đầu tư theo phương thức đối tác công tư và cơ chế thanh toán, quyết toán đối với dự án áp dụng loại hợp đồng BT, trừ các trường hợp quy định tại điểm b khoản này.

Công trình, hạng mục công trình xây dựng được xác định theo quy định pháp luật về hệ thống ngành kinh tế quốc dân hoặc quy định của pháp luật về xây dựng.

Doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng được xác định bằng giá trị chưa thuế giá trị gia tăng trên hợp đồng. Trường hợp hợp đồng ký kết theo giá đã có thuế giá trị gia tăng thì doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng được xác định theo công thức sau:

Doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng = Giá trị hợp đồng/(1+ thuế suất)

(2) Không thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với các trường hợp sau:

+ Chủ đầu tư làm thủ tục tạm ứng vốn đầu tư xây dựng cơ bản theo quy định;

+ Các khoản thanh toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản cho các hoạt động quản lý dự án: thanh toán cho các công việc quản lý dự án cho chủ đầu tư trực tiếp thực hiện; các khoản chi của Ban quản lý dự án, chi giải phóng mặt bằng, chi đối với các dự án do dân tự làm;

+ Các khoản chi phí đầu tư xây dựng của các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản có giá trị công trình xây dựng bao gồm cả thuế giá trị gia tăng dưới 01 tỷ đồng;

+ Các trường hợp chủ đầu tư có chứng từ (bản sao chứng từ đã nộp thuế, hoặc thông báo xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ thuế của cơ quan thuế) chứng minh đã nộp đầy đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước đối với toàn bộ số thuế giá trị gia tăng phát sinh của nhà thầu và chủ đầu tư hoàn toàn chịu trách nhiệm về tính chính xác cũng như tính hợp pháp hợp lệ của chứng từ nộp cho cơ quan Kho bạc Nhà nước;

+ Hoạt động tư vấn, khảo sát, thiết kế, bảo hiểm, kế toán của công trình xây dựng;

+ Hoạt động xây dựng trong khu phi thuế quan.

(3) Chủ đầu tư hoặc cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước trong dự án PPP khi thực hiện thanh toán tại Kho bạc Nhà nước có trách nhiệm lập chứng từ thanh toán theo quy định tại Nghị định 254/2025/NĐ-CP hoặc Nghị định số 312/2025/NĐ-CP gửi Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng. Số thuế giá trị gia tăng do Kho bạc Nhà nước khấu trừ trên chứng từ thanh toán được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp của nhà thầu. Chủ đầu tư hoặc cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước trong dự án PPP có trách nhiệm kê khai đầy đủ, chính xác, trung thực thông tin nộp thuế giá trị gia tăng của nhà thầu tại phần nộp thuế trên Giấy rút vốn và các giấy tờ khác có liên quan gửi Kho bạc Nhà nước; cung cấp chứng từ thanh toán cho các nhà thầu đã được Kho bạc Nhà nước khấu trừ thuế;

(4) Việc hạch toán thu ngân sách nhà nước đối với số thuế giá trị gia tăng đã được Kho bạc Nhà nước khấu trừ theo nguyên tắc công trình xây dựng cơ bản phát sinh tại tỉnh nào thì số thuế giá trị gia tăng do Kho bạc Nhà nước khấu trừ sẽ được hạch toán vào thu ngân sách của tỉnh đó.

Trường hợp công trình, hạng mục công trình xây dựng nằm trên nhiều tỉnh thì chủ đầu tư có trách nhiệm xác định doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng công trình theo từng tỉnh và có trách nhiệm lập chứng từ thanh toán gửi Kho bạc Nhà nước để khấu trừ thuế giá trị gia tăng và hạch toán thu ngân sách cho từng tỉnh. Trường hợp công trình, hạng mục công trình xây dựng nằm trên nhiều tỉnh mà không xác định được doanh thu của công trình tại từng tỉnh thì sau khi xác định tỷ lệ 1% trên doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của công trình, hạng mục công trình xây dựng, căn cứ vào tỷ lệ (%) giá trị đầu tư của công trình tại từng tỉnh trên tổng giá trị đầu tư của công trình, hạng mục công trình xây dựng để xác định số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho từng tỉnh. Trường hợp công trình, hạng mục công trình xây dựng trong cùng tỉnh (gồm: công trình, hạng mục công trình xây dựng liên xã/phường/đặc khu (sau đây gọi chung là xã) và công trình, hạng mục công trình xây dựng tại xã khác với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính) hoặc công trình, hạng mục công trình xây dựng khác tỉnh với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính, Thuế tỉnh phối hợp với Sở Tài chính là đơn vị chủ trì tham mưu trình Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định phân bổ hạch toán thu ngân sách nhà nước phù hợp với Nghị quyết về phân cấp nguồn thu do Hội đồng nhân dân tỉnh ban hành;

(5) Khai thuế, nộp thuế giá trị gia tăng của trường hợp khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước thực hiện theo quy định tại khoản 2 và điểm b khoản 3 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC, trừ trường hợp công trình, hạng mục công trình xây dựng trong cùng tỉnh với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính thì người nộp thuế không phải kê khai tờ khai thuế theo mẫu số 05/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC đối với trường hợp Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng của nhà thầu. Số thuế giá trị gia tăng do Kho bạc Nhà nước khấu trừ trên chứng từ thanh toán được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp của nhà thầu. Kho bạc Nhà nước hạch toán thu ngân sách nhà nước đối với khoản thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ, tổng hợp đầy đủ thông tin trên chứng từ thu vào Bảng kê chứng từ nộp ngân sách và chuyển cho cơ quan thuế theo quy định.

Lưu ý: Quy định trên thực hiện đến hết ngày 31/12/2026 theo Khoản 2 Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với một số trường hợp đặc thù được quy định thế nào?

Căn cứ Điều 24 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định những trường hợp đặc thù được khấu trừ thuế GTGT đầu vào ối với một số trường hợp đặc thù như sau:

Việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng trong một số trường hợp quy định tại điểm g khoản 1 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 thực hiện như sau:

(1) Đối với hàng hóa, dịch vụ hình thành tài sản cố định phục vụ cho người lao động:

- Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ hình thành tài sản cố định phục vụ cho người lao động trong khu vực sản xuất, kinh doanh và nhà ở, trạm y tế cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp được khẩu trừ toàn bộ.

- Trường hợp cơ sở kinh doanh thuê nhà ở cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp thì thuế giá trị gia tăng đối với khoản tiền thuê nhà được khấu trừ theo quy định. Trường hợp cơ sở kinh doanh xây dựng hoặc mua nhà ở ngoài khu công nghiệp phục vụ cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp, nhà xây dựng hoặc nhà mua thì thuế giá trị gia tăng của nhà xây dựng, nhà mua phục vụ cho công nhân được khấu trừ toàn bộ. Nhà ở cho công nhân quy định tại điểm này phải đáp ứng điều kiện nhà ở cho công nhân trong khu công nghiệp theo quy định của pháp luật về nhà ở.

- Trường hợp các chuyên gia nước ngoài vẫn là nhân viên của doanh nghiệp ở nước ngoài, chịu sự điều động của doanh nghiệp ở nước ngoài, được doanh nghiệp ở nước ngoài trả lương và hưởng các chế độ của doanh nghiệp ở nước ngoài trong thời gian sang Việt Nam công tác, giữa doanh nghiệp ở nước ngoài và cơ sở kinh doanh tại Việt Nam có hợp đồng bằng văn bản nêu rõ cơ sở kinh doanh tại Việt Nam phải chịu các chi phí về chỗ ở cho các chuy su gia nước ngoài trong thời gian công tác ở Việt Nam thì thuế giá trị gia tăng của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài làm việc tại Việt Nam do cơ sở kinh doanh tại Việt Nam chi trả được khấu trừ; trường hợp cơ sở kinh doanh có các chuyên gia nước ngoài sang Việt Nam công tác, giữ các chức vụ quản lý tại Việt Nam, hưởng lương tại Việt Nam theo hợp đồng lao động ký với cơ sở kinh doanh tại Việt Nam thì cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài này.

(2) Đối với trường hợp góp vốn bằng tài sản trong đó tài sản góp vốn là tài sản mới mua, chưa sử dụng, có hóa đơn hợp pháp được hội đồng giao nhận vốn góp chấp nhận thì trị giá vốn góp được xác định theo trị giá ghi trên hóa đơn bao gồm cả thuế giá trị gia tăng. Bên nhận vốn góp được khấu trừ thuế giá trị gia tăng ghi trên hóa đơn mua tài sản của bên góp vốn.

(3) Đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào dưới hình thức ủy quyền, cơ sở kinh doanh được khấu trừ thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào dưới hình thức ủy quyền cho tổ chức, cá nhân khác mà hóa đơn mang tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền bao gồm các trường hợp sau đây:

- Doanh nghiệp bảo hiểm ủy quyền cho người tham gia bảo hiểm sửa chữa tài sản; chi phí sửa chữa tài sản cùng các vật tư, phụ tùng thay thế có hóa đơn giá trị gia tăng ghi tên người tham gia bảo hiểm, doanh nghiệp bảo hiểm thực hiện thanh toán cho người tham gia bảo hiểm phí bảo hiểm tương ứng theo hợp đồng bảo hiểm thì doanh nghiệp bảo hiểm được khấu trừ thuế giá trị gia tăng tương ứng với phần bồi thường bảo hiểm thanh toán theo hóa đơn giả trị gia tăng đứng tên người tham gia bảo hiểm; trường hợp phần bồi thường bảo hiểm do doanh nghiệp bảo hiểm thanh toán cho người tham gia bảo hiểm có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên thì phải thực hiện thanh toán không dùng tiền mặt.

- Trước khi thành lập doanh nghiệp, các sáng lập viên có văn bản ủy quyền cho tổ chức, cá nhân thực hiện chi hộ một số khoản chi mua sắm hàng hóa, vật tư và chi phí khác liên quan đến việc thành lập doanh nghiệp thì doanh nghiệp được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào theo hóa đơn giá trị gia tăng đứng tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền và phải thực hiện thanh toán không dùng tiền mặt cho tổ chức, cá nhân được ủy quyền đối với những hóa đơn có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên.

(4) Đối với tài sản cố định là ô tô chở người từ 09 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn; ô tô dùng để làm mẫu và lái thử cho kinh doanh ô tô) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế giá trị gia tăng) thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ tương ứng với phần trị giá đến 1,6 tỷ đồng.

(5) Đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung có sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng qua các khâu để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế giá trị gia tăng thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào tại các khâu được khấu trừ toàn bộ.