Công văn 16646 hướng dẫn hoàn thuế GTGT dự án đầu tư thực hiện theo nhiều giai đoạn ra sao?

Công văn 16646 hướng dẫn hoàn thuế GTGT dự án đầu tư thực hiện theo nhiều giai đoạn ra sao?

Ngày 27/8/2026, Thuế TP Đồng Nai đã có Công văn 16646/DON-QLDN2 về việc hướng dẫn về hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư được thực hiện theo nhiều giai đoạn

>> TẢI VỀ Công văn 16646/DON-QLDN2 năm 2026

Theo đó, Trả lời văn bản 0 số ngày 24/07/2026 của CÔNG TY CP DELIWAY VIỆT NAM (sau đây gọi là Công ty) về việc hướng dẫn về hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư được thực hiện theo nhiều giai đoạn. Về vấn đề này, Thuế Thành phố Đồng Nai có ý kiến như sau:

Tại khoản 2 và điểm c, khoản 3 Điều 33 Luật đầu tư số 143/2025/QH15 ngày 11 tháng 12 năm 2025 của Quốc hội quy định:

“Điều 33. Điều chỉnh dự án đầu tư

…

2. Nhà đầu tư thực hiện thủ tục điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư trong trường hợp việc điều chỉnh dự án đầu tư làm thay đổi nội dung chính của dự án quy định tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.

3. Nhà đầu tư có dự án đầu tư đã được chấp thuận chủ trương đầu tư phải thực hiện thủ tục chấp thuận điều chỉnh chủ trương đầu tư nếu thuộc một trong các trường hợp sau đây:

…

c) Kéo dài tiến độ thực hiện dự án đầu tư trong trường hợp điều chỉnh tiến độ quá 24 tháng theo quy định tại khoản 4 Điều này;

d) Điều chỉnh thời hạn hoạt động của dự án đầu tư;

…”

- Căn cứ khoản 1 Điều 30 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ quy định:

“Điều 30. Hoàn thuế đối với đầu tư

1. Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật về đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh thực hiện bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng. Trường hợp dự án đầu tư đã hoàn thành (bao gồm cả dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư có giai đoạn, hạng mục đầu tư đã hoàn thành) nhưng cơ sở kinh doanh chưa thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng phát sinh trong giai đoạn đầu tư (hạng mục đầu tư, giai đoạn đầu tư đã hoàn thành) thì cơ sở kinh doanh thực hiện nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành. Ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn, hạng mục đầu tư hoàn thành là ngày phát sinh doanh thu của dự án đầu tư hoặc ngày phát sinh doanh thu của giai đoạn, hạng mục đầu tư. Doanh thu quy định tại Điều này không bao gồm doanh thu phát sinh trong giai đoạn chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, thanh lý nguyên vật liệu của dự án đầu tư.

Trường hợp cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư thành lập tổ chức kinh tế mới hoặc giao cho Ban Quản lý dự án, chi nhánh trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh được khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư. Tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện của cơ sở kinh doanh, tổ chức kinh tế, chi nhánh cùng kỳ tính thuế (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Điều này. Khi dự án đầu tư, giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư đã hoàn thành, trường hợp tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh không tiếp tục quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh mà do chủ dự án đầu tư trực tiếp quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh hoặc giao cho cơ sở kinh doanh khác quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh thì tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải bàn giao số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết của dự án đầu tư để bàn giao cho chủ dự án đầu tư hoặc cơ sở kinh doanh được giao quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh để tiếp tục kê khai, khấu trừ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh vào kỳ tính thuế tiếp theo ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành.

Trường hợp dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất, kinh doanh nhưng phải chấm dứt hoạt động của dự án đầu tư, chưa phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động sản xuất, kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải nộp lại số thuế giá trị gia tăng đã được hoàn của dự án đầu tư vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật về quản lý thuế; đối với số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.”

- Căn cứ khoản 3 Điều 30 Nghị định 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ quy định:

“3. Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp sau đây:

a) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế.

b) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của pháp luật về đầu tư trừ trường hợp quy định tại khoản 2 Điều này”

- Căn cứ khoản b Điều 46 Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30/06/2026 của Bộ Tài chính quy định:

“Điều 46. Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng và hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt

1. Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng gồm:

…

b) Trường hợp hoàn thuế đối với dự án đầu tư:

Chủ đầu tư dự án hoặc Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới được chủ đầu tư giao quản lý và kê khai, hoàn thuế đối với dự án đầu tư gửi các tài liệu sau:

b.1) Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 02/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này có kê khai chỉ tiêu đề nghị hoàn;

b.2) Phụ lục đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 01-8/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này;

b.3) Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục chấp thuận chủ trương đầu tư, Quyết định thành lập dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư đối với trường hợp không phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Chấp thuận chủ trương đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

…”

Căn cứ vào các nội dung quy định và hướng dẫn trên, trường hợp công ty khi triển khai thực hiện dự án nếu tiến độ thực hiện không đúng như tiến độ thời gian đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư thì công ty phải thực hiện thủ tục điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo quy định tại khoản 3 Điều 33 Luật đầu tư số 143/2025/QH15 ngày 11/12/2025.

Trường hợp Công ty đáp ứng đủ điều kiện theo quy định tại Điều 30 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/07/2025 thì Công ty thực hiện kê khai thuế GTGT và hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Nghị định 252/2026/NĐ-CP ngày 30/06/2026 của Chính phủ và Thông tư 89/2026/TT-BTC ngày 30/06/2026 của Bộ Tài chính.

Đề nghị Công ty căn cứ tình hình thực tế, khai thuế chính xác, trung thực, đầy đủ và nộp hồ sơ thuế đúng hạn; chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực, đầy đủ của hồ sơ thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 20 Nghị định 252/2026/NĐ-CP ngày 30/06/2026 của Chính phủ.

Thuế Thành phố Đồng Nai thông báo để Công ty biết và thực hiện đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật./

Xem chi tiết tại Công văn 16646/DON-QLDN2 năm 2026 TẢI VỀ

Công văn 16646 hướng dẫn hoàn thuế GTGT dự án đầu tư thực hiện theo nhiều giai đoạn ra sao?

Thời gian gia hạn nộp thuế 2026 theo Nghị định 245/2026/NĐ-CP thế nào?

Căn cứ tại Điều 2 Nghị định 245/2026/NĐ-CP quy định thời gian gia hạn nộp thuế 2026 cụ thể như sau:

(1) Thuế GTGT

Thời gian gia hạn nộp thuế đối với số thuế giá trị gia tăng (bao gồm cả số thuế giá trị gia tăng phải phân bổ, số thuế phải nộp theo từng lần phát sinh) tối đa là 05 tháng.

(2) Thuế TNCN

Thời gian gia hạn nộp thuế đối với số thuế thu nhập cá nhân của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tối đa là 05 tháng.

Cụ thể như sau:

- Kỳ tính thuế tháng 5 năm 2026 chậm nhất là ngày 20 tháng 11 năm 2026;

- Kỳ tính thuế tháng 6, tháng 7, tháng 8 và tháng 9 năm 2026 chậm nhất là ngày 21 tháng 12 năm 2026;

- Kỳ tính thuế quý II năm 2026 chậm nhất là ngày 02 tháng 11 năm 2026;

- Kỳ tính thuế quý III năm 2026 chậm nhất là ngày 30 tháng 12 năm 2026.

Quy định tại khoản này không áp dụng đối với số thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu.

(3) Thuế TNDN

Thời gian gia hạn đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp tạm nộp của quý II năm 2026 là 03 tháng; thời gian gia hạn đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp tạm nộp của quý III năm 2026 là 02 tháng, cụ thể như sau:

- Số thuế thu nhập doanh nghiệp tạm nộp của quý II năm 2026 chậm nhất ngày 02 tháng 11 năm 2026;

- Số thuế thu nhập doanh nghiệp tạm nộp của quý III năm 2026 chậm nhất ngày 30 tháng 12 năm 2026.

*Lưu ý:

- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế được gia hạn dẫn đến làm tăng số phải nộp và gửi đến cơ quan thuế trước khi hết thời hạn nộp thuế được gia hạn thì số thuế được gia hạn bao gồm cả số phải nộp tăng thêm do khai bổ sung.

Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế được gia hạn sau khi hết thời hạn nộp thuế được gia hạn thì không được gia hạn số phải nộp tăng thêm do khai bổ sung.

- Trường hợp doanh nghiệp, tổ chức, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có hoạt động sản xuất, kinh doanh nhiều ngành kinh tế khác nhau trong đó có ngành kinh tế, lĩnh vực quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định 245/2026/NĐ-CP thì: Doanh nghiệp, tổ chức, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh được gia hạn toàn bộ số thuế giá trị gia tăng, số thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân phải nộp theo quy định tại Nghị định 245/2026/NĐ-CP.

Quyền của người nộp thuế là gì?

Căn cứ theo Điều 37 Luật Quản lý thuế 2025 quyền của người nộp thuế như sau:

- Được hỗ trợ, hướng dẫn thực hiện nghĩa vụ thuế; cung cấp thông tin, tài liệu để thực hiện nghĩa vụ, quyền lợi về thuế;

- Được tra cứu, xem, in ​​và sử dụng chứng từ điện tử mà người nộp thuế đã gửi đến Hệ thống thông tin quản lý thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế 2025 và pháp luật về giao dịch điện tử; được yêu cầu tổ chức khấu trừ cấp chứng từ khấu trừ điện tử;

- Ký hợp đồng với đại lý thuế, đại lý làm thủ tục hải quan để thực hiện dịch vụ đại lý thuế, đại lý làm thủ tục hải quan; được ủy quyền khai thay, nộp thuế thay theo quy định của pháp luật về thuế, quản lý thuế, hải quan;

- Được áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, hải quan nếu đáp ứng đủ các điều kiện về chế độ ưu tiên theo quy định của pháp luật;

- Được tra cứu tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế, nhận thông báo số tiền thuế nợ qua tài khoản giao dịch điện tử do cơ quan quản lý thuế cung cấp;

- Được nhận thông báo, quyết định, biên bản, kết luận liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế từ các cơ quan chức năng khi tiến hành thanh tra, kiểm tra, kiểm toán;

- Được giải thích về việc tính thuế, khoản thu khác, ấn định thuế, nội dung xử lý về thuế, khoản thu khác; được bảo lưu ý kiến, giải trình; được biết thời hạn giải quyết hoàn thuế, số tiền thuế không được hoàn và căn cứ pháp lý đối với số tiền thuế không được hoàn;

- Không phải nộp các chứng từ, tài liệu, không phải gửi các thông tin đã có sẵn trong hồ sơ thuế mà cơ quan quản lý thuế đã có, trừ trường hợp có thay đổi nội dung hoặc theo yêu cầu của cơ quan quản lý thuế để phục vụ kiểm tra thuế;

- Được yêu cầu xác nhận việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế;

- Được bảo mật thông tin theo quy định tại Điều 7 Luật Quản lý thuế 2025;

- Được khiếu nại, khởi kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính về thuế liên quan đến quyền, lợi ích hợp pháp của người nộp thuế;

- Được tố cáo hành vi vi phạm pháp luật của công chức quản lý thuế, tổ chức, cá nhân khác theo quy định của pháp luật về tố cáo;

- Được bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật về trách nhiệm bồi thường của Nhà nước nếu bị cơ quan quản lý thuế, công chức quản lý thuế gây thiệt hại trái pháp luật;

- Không bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế, hóa đơn, không tính tiền chậm nộp đối với trường hợp do người nộp thuế thực hiện nghĩa vụ thuế, hóa đơn theo văn bản hành chính hoặc quyết định xử lý của cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế, hóa đơn của người nộp thuế;

- Được yêu cầu giám định hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu liên quan đến nghĩa vụ thuế;

- Được yêu cầu tra soát, điều chỉnh thông tin nếu phát hiện sai lệch trên chứng từ nộp ngân sách nhà nước hoặc dữ liệu do cơ quan quản lý thuế cung cấp;

- Khi cơ quan quản lý thuế kiểm tra thuế, người nộp thuế có quyền từ chối việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khi không có quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế của cơ quan có thẩm quyền; từ chối việc kiểm tra tại trụ sở cơ quan quản lý thuế khi không có thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của cơ quan quản lý thuế; từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra hoặc thuộc bí mật nhà nước, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác; được giải trình về những vấn đề có liên quan đến nội dung kiểm tra và bảo lưu ý kiến; khiếu nại, khởi kiện, yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật; tố cáo hành vi vi phạm pháp luật trong quá trình kiểm tra thuế; các quyền khác theo quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành.

Trên đây là thông tin *Công văn 16646 hướng dẫn hoàn thuế GTGT dự án đầu tư thực hiện theo nhiều giai đoạn ra sao?