Những trường hợp doanh nghiệp phải hủy tờ khai hải quan và thủ tục hủy tờ khai hải quan được quy định cụ thể như sau:
>> Lưu giữ hồ sơ hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu 2026
Căn cứ khoản 1 Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 10 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC), các trường hợp hủy tờ khai hải quan bao gồm:
- Trường hợp 1: Tờ khai hải quan không có giá trị làm thủ tục hải quan.
Tờ khai hải quan không có giá trị làm thủ tục hải quan trong các trường hợp sau đây:
(i) Quá thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai, hàng hóa được miễn kiểm tra thực tế nhưng không có hàng nhập khẩu đến cửa khẩu nhập hoặc hàng xuất khẩu chưa đưa vào khu vực giám sát hải quan tại cửa khẩu xuất.
(ii) Quá thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai mà người khai hải quan chưa nộp hoặc xuất trình hồ sơ hải quan.
(iii) Quá thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai mà người khai hải quan chưa xuất trình hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải kiểm tra thực tế để cơ quan hải quan kiểm tra.
(iv) Tờ khai hải quan xuất khẩu tại chỗ quá hạn 15 ngày kể từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng nhưng người nhập khẩu không đăng ký tờ khai nhập khẩu tại chỗ đối ứng, trừ trường hợp quy định tại điểm a.6 khoản 5 Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 53 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC)
(v) Tờ khai hải quan xuất khẩu đối với hàng hóa mua, bán, thuê, mượn giữa doanh nghiệp nội địa với DNCX, doanh nghiệp trong khu phi thuế quan, giữa hai DNCX quá hạn 15 ngày kể từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng nhưng người nhập khẩu không đăng ký tờ khai nhập khẩu đối ứng.
- Trường hợp 2: Hủy tờ khai hải quan theo yêu cầu của người khai hải quan. Cụ thể:
(i) Tờ khai hải quan đã được đăng ký nhưng chưa được thông quan do Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có sự cố.
(ii) Tờ khai hàng hóa xuất khẩu đã có hàng hóa đưa vào khu vực giám sát hải quan nhưng thực tế không xuất khẩu.
(iii) Tờ khai hàng hóa nhập khẩu đã được đăng ký nhưng thực tế hàng hóa không nhập khẩu và hàng hóa chưa đưa qua khu vực giám sát.
(iv) Tờ khai hải quan đã đăng ký nhưng người khai hải quan khai sai các chỉ tiêu thông tin quy định tại mục 3 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 38/2015/TT-BTC, trừ trường hợp tờ khai hải quan nhập khẩu đã thông quan hoặc giải phóng hàng hoặc đưa hàng về bảo quản và hàng hóa đã qua khu vực giám sát hải quan hoặc tờ khai hải quan xuất khẩu đã thông quan hoặc giải phóng hàng và hàng hóa thực tế đã xuất khẩu.
(v) Tờ khai hải quan xuất khẩu tại chỗ, tờ khai hải quan xuất khẩu đối với hàng hóa mua, bán, thuê, mượn giữa doanh nghiệp nội địa với DNCX, doanh nghiệp trong khu phi thuế quan, giữa hai DNCX đã hoàn thành kiểm tra hải quan hoặc giải phóng hàng nhưng người xuất khẩu hoặc người nhập khẩu hủy giao dịch xuất khẩu, nhập khẩu.

Ảnh minh họa (Nguồn từ Internet)
Căn cứ khoản 2 Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 10 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC), thủ tục hủy tờ khai hải quan được thực hiện như sau:
- Khi đề nghị hủy tờ khai hải quan, người khai hải quan khai thông tin đề nghị huỷ tờ khai hải quan theo mẫu số 06 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 38/2015/TT-BTC (được thay thế bởi Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 39/2018/TT-BTC) và nộp các chứng từ chứng minh việc hủy tờ khai (nếu có) thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc nộp 02 bản chính văn bản đề nghị hủy tờ khai hải quan - mẫu số 04/HTK/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư 38/2015/TT-BTC (được thay thế bởi Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 39/2018/TT-BTC) trong trường hợp khai tờ khai hải quan giấy cho cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai.
- Trường hợp hàng hóa xuất khẩu đã đưa vào khu vực giám sát hải quan nhưng thực tế không xuất khẩu, nếu hủy tờ khai để đưa trở lại nội địa, người khai hải quan phải cam kết trong văn bản đề nghị về việc chưa thực hiện việc hoàn thuế, không thu thuế cho lô hàng thuộc tờ khai hàng hóa xuất khẩu tại cơ quan thuế nội địa hoặc tại cơ quan hải quan và chịu trách nhiệm về nội dung đã khai báo. Nếu cơ quan hải quan hoặc cơ quan thuế kiểm tra phát hiện người khai hải quan đã hoàn thuế thì người khai hải quan bị xử lý theo quy định của pháp luật.
(i) Trường hợp hủy tờ khai hải quan trong trường hợp 1 nêu tại Mục 1:
- Trong thời hạn chậm nhất 01 ngày làm việc kể từ ngày tờ khai không còn giá trị làm thủ tục hải quan, cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai kiểm tra, xác minh thông tin về tình trạng hàng hóa trên Hệ thống hoặc tại nơi lưu giữ hàng hóa (nếu Hệ thống chưa kết nối).
- Nếu kết quả xác minh phù hợp thì thực hiện hủy tờ khai và thông báo kết quả cho người khai hải quan trên Hệ thống.
(ii) Trường hợp hủy tờ khai hải quan trong trường hợp 2 nêu tại Mục 1:
Trong thời hạn 08 giờ làm việc kể từ khi nhận được đề nghị hủy tờ khai, công chức hải quan kiểm tra lý do, điều kiện và thông tin tờ khai, trình lãnh đạo phê duyệt, thực hiện hủy tờ khai và phản hồi kết quả cho người khai hải quan trên Hệ thống.
(iii) Thực hiện xử lý tiền thuế đã nộp (nếu có) theo quy định pháp luật tại Điều 131 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 64 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC, tiết k.10 điểm k Khoản 68 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC) như sau:
- Tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được xác định là nộp thừa theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế 2006 (được sửa đổi, bổ sung tại khoản 13 Điều 1 Luật số 78/2006/QH11; điểm a khoản 1 Điều 29 Nghị định 83/2013/NĐ-CP)
- Trách nhiệm của người nộp thuế:
+ Người nộp thuế khai đầy đủ các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 03 Phụ lục IIa ban hành kèm Thông tư 38/2015/TT-BTC gửi đến cơ quan hải quan qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
+ Trường hợp hồ sơ giấy người nộp thuế nộp công văn đề nghị hoàn thuế theo Mẫu số 09/CVĐNHNT/NVTHQ Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Trách nhiệm của cơ quan hải quan:
+ Cơ quan hải quan nơi phát sinh khoản tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện kiểm tra thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử, nếu xác định kê khai của người nộp thuế là chính xác thì phản hồi thông tin về việc hồ sơ kê khai đã được chấp nhận cho người nộp thuế. Trường hợp xác định kê khai của người nộp thuế chưa chính xác, cơ quan hải quan phản hồi thông tin từ chối tiếp nhận hồ sơ thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
+ Trường hợp hồ sơ giấy cơ quan hải quan tiếp nhận, kiểm tra, đối chiếu nội dung đề nghị của người nộp thuế với các quy định của pháp luật về quản lý thuế, nếu xác định không đủ điều kiện hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, cơ quan hải quan thông báo trong thời hạn 08 giờ làm việc.
+ Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận được công văn hợp lệ của người nộp thuế đề nghị hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và thông báo cho người nộp thuế. Trường hợp không đủ điều kiện hoàn thuế cũng phải thông báo cho người nộp thuế.
- Việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn thực hiện theo quy định tại Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 60 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC. Số tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa được xử lý đồng thời với thuế nhập khẩu (nếu có).
(iv) Trường hợp việc hủy tờ khai ảnh hưởng đến việc quản lý, theo dõi trừ lùi trên Hệ thống thì sau khi hủy tờ khai, cơ quan hải quan phải cập nhật lại thông tin trên Hệ thống.
(v) Thông báo cho cơ quan thuế hoặc cơ quan hải quan liên quan để theo dõi và không thực hiện hoàn thuế, khấu trừ thuế, không thu thuế đối với hàng hóa thuộc tờ khai xuất khẩu đã bị hủy.
(vi) Trường hợp có thông tin về vi phạm pháp luật liên quan đến lô hàng thì chỉ được hủy tờ khai sau khi đã xác minh lô hàng không vi phạm hoặc đã xử lý xong vi phạm theo quy định.
Lưu ý: Đối với tờ khai hải quan giấy, ngoài thực hiện các trên thì công chức hải quan nơi đăng ký tờ khai gạch chéo bằng bút mực, ký tên, đóng dấu công chức lên tờ khai hải quan được huỷ; lưu tờ khai hải quan được huỷ theo thứ tự số đăng ký tờ khai hải quan.
- Mẫu tờ khai hải quan, phụ lục tờ khai hải quan và hướng dẫn ghi tờ khai hải quan Phụ lục IV ban hành kèm Thông tư 38/2015/TT-BTC.
- Mẫu 02/BKHĐ/GSQL - Bảng kê hóa đơn thương mại hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu 03/KBS/GSQL - Văn bản đề nghị khai bổ sung Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu 04/HTK/GSQL - Đơn đề nghị hủy tờ khai Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu 09/BQHH/GSQL - Đơn đề nghị đưa hàng về bảo quản Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 12/TB-CSSX/GSQL - Thông báo cơ sở sản xuất, nơi lưu giữ nl, vt, mmtb và sp xuất khẩu của hoạt động gia công, sxxk, doanh nghiệp chế xuất Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi phụ lục I Thông tư 121/2025/TT-BTC).
- Mẫu số 15/BCQT-NVL/GSQL - Báo cáo quyết toán nhập-xuất-tồn kho nguyên liệu, vật tư nhập khẩu loại hình... Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi phụ lục I Thông tư 121/2025/TT-BTC).
- Mẫu số 15a/BCQT-SP/GSQL - Báo cáo quyết toán nhập - xuất - tồn kho sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ nl, vt nhập khẩu loại hình.... Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi phụ lục I Thông tư 121/2025/TT-BTC).
- Mẫu số 15b/BCQT-NLVTNN/GSQL- Báo cáo quyết toán nhập - xuất - tồn tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư xuất khẩu loại hình đặt gia công ở nước ngoài, dncx Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 15c/BCQT-SPNN/GSQL - Báo cáo quyết toán nhập - xuất - tồn tình hình sử dụng sản phẩm nhập khẩu Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 16/ĐMTT/GSQL - Định mức thực tế sản xuất sản phẩm xuất khẩu Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi phụ lục I Thông tư 121/2025/TT-BTC).
- Mẫu số 18/TB-HĐGC/GSQL - Thông báo Về việc thực hiện hợp đồng/phụ lục của hợp đồng gia công Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 18a/TB-HĐGCL/GSQL - Thông báo Về việc thực hiện hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công lại Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 19/NXTK-DNCX/GSQL - Báo cáo hàng hóa gửi kho thuê bên ngoài dncx Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 20/NTXD-DNCX/GSQL - Báo cáo hàng hóa nhập khẩu theo hợp đồng xây dựng Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
-Mẫu số 21/BKVC/GSQL - Bản kê vận chuyển hàng hóa quá cảnh/trung chuyển(Bản người khai hải quan lưu) Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi phụ lục I Thông tư 121/2025/TT-BTC).
- Mẫu số 22/CKHH/GSQL - Văn bản đề nghị chuyển khẩu hàng hóa Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 23/NLNK-PTQ/GSQL - Bảng kê số thuế nhập khẩu phải nộp Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 24/BC-KNQ/GSQL - Báo cáo tình hình hoạt động của kho ngoại quan Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 27/THCT-KML/GSQL - Bảng tổng hợp chứng từ theo từng lần giao nhận hàng hóa Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 31/BKCT/GSQL - Bảng kê số hiệu container xuất khẩu Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 32/TĐCX-NK/GSQL - Thông báo thay đổi cảng xếp hàng, cửa khẩu xuất Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 33/TĐPTVT/GSQL - Thông báo thay đổi tên phương tiện vận tải xuất cảnh Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 34/TĐCX/GSQL - Thông báo thay đổi cảng xếp hàng, cửa khẩu xuất Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 37/GT/GSQL - Văn bản giải trình với Chi cục Hải quan Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 40/CT-HĐGC/GSQL - Thông báo chuyển tiếp nguyên liệu, vật tư dư thừa; máy móc, thiết bị từ hợp đồng gia công này sang hợp đồng gia công khác Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
- Mẫu số 41/TB-HTSC/GSQL - Thông báo về việc hệ thống khai hải quan điện tử gặp sự cố Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.